咳嗽的簡易鑑別診斷：可以根據痰液的情況及合併的症狀做一些常見原因的分析。以下是最常見的疾患鑑別診斷：
1.若是痰液清稀、或是白微黃，最常見的原因是上呼吸道感染、或是流行性感冒。
2.若是痰黃黏稠、或是棕色、或綠色，若是已經是數週以上，常見原因是慢性支氣管炎，若合併有發燒，可能為肺炎
。
3.若是咳嗽合併有喘鳴聲，常見為支氣管炎、或是氣喘。
4.若是合併有心臟病、夜咳、或是躺下時更咳，常見的原因是充血性心衰竭。
5.若是慢性咳嗽並合併午後、或是夜間發燒、體重減輕，可能是肺結核。
6.若是咳嗽痰少、或無痰、咳嗽超過2週以上皆不好，可能是感染黴漿菌。
7.若是吸到冷空氣、或是灰塵就咳嗽，主要是過敏所致。
8.若是數個月的咳嗽皆不癒，合併體重減輕，需要留意可能是肺癌。
9.若是白天不咳，只有夜咳嚴重，併有黃濃鼻涕，常見為鼻竇炎、鼻涕倒流。
10.若是容易胃痛、胃酸過多、或心窩有灼熱感，則是胃食道逆流
◎咳嗽的原因：依據發生的期間分成兩大類。
●急性的咳嗽（小於3週內）：分為感染性原因與非感染性原因。
（1）感染性原因包括：感冒、鼻竇問題、肺炎、百日咳、哮吼等。
（2）非感染性原因包括：慢性支氣管炎、肺氣腫、氣喘的急性惡化，或是環境因素。
●慢性的咳嗽（大於3週以上）：
（1）環境因素：如吸菸、灰塵、花粉、寵物、空氣污染或天氣太乾燥等。
（2）肺部因素：氣喘、肺氣腫、慢性支氣管炎、肺癌、心因性肺水腫。
（3）呼吸道問題：鼻涕倒流、鼻竇炎、過敏等。
（4）其他：服用ACE類降血壓藥物、胃食道逆流等。
◎何時需要進一步檢查？
如果咳嗽超過3週皆無好轉跡象、咳嗽有血、呼吸困難、合併持續性低燒、或體重快速減輕，建議進一步檢查，包括抽血、照胸部X光、痰液分析、或是做細菌、結核菌的培養等。
總之，咳嗽的原因繁多，民眾最好還是經由專業醫師的診查，正確診斷，才好下處方治療。
通常，醫師若懷疑為過敏病時，會進行初步的過敏原定性檢驗，以確定是否真有過敏體質，若結果呈陽性時，才進行下一步的特異過敏原免疫檢驗，找出到底對那些東西過敏。
目前特定過敏原免疫檢驗方法有兩種，一種是半定量檢驗法，它可檢測36種常見過敏原，包括20種吸入性及16種食入性過敏原。優點是可同時驗較多過敏原，缺點是敏感度較差。
另一種則是定量檢驗法，它可檢測10種吸入性或10種食入性過敏原，也可檢驗一些較少見的過敏原。優點是敏感度較佳，但缺點是可同時驗的過敏原較少。
至於過敏原皮膚測試，是比較傳統的測試法，方法是將過敏原試劑打入皮膚十五分鐘，根據皮膚紅腫程度判讀是否對這種東西過敏。但由於施行時病人會有針刺的痛感，且有許多限制，目前臨床已較少採用。
防治過敏疾病，最重要的是遠離過敏原。在台灣，兒童氣喘最常見的吸入性過敏原，包括家塵、動物（狗、貓）的毛、皮屑、黴菌、花粉和蟑螂等；至於食物性過敏原則以蛋白、有殼海鮮、花生和牛奶為主。
台北書田診所小兒科醫師陳永綺表示，誘發過敏體質發作的因素，可分為直接與間接兩大類，像過敏原的刺激、呼吸道感染和化學刺激物，都可直接誘發過敏；至於氣溫變化、食用冰品、劇烈運動或情緒不穩定等，則是間接促成過敏發作的病因。
陳永綺指出，塵璊以人類或動物脫落的皮屑為食，又喜好潮濕、溫暖的環境，因此在台灣特別容易繁殖，許多氣喘病患的禍首就是塵璊和牠的排洩物。她建議，家有氣喘病患，應避免使用地毯、布製家具、填充玩具、榻榻米或棉被，
並可使用防←被套，或以塑膠套包裹彈簧床墊，減少塵危害。
如果孩童對動物皮毛過敏，儘量不要在家養貓、狗，並保持家中清潔及室內空氣流通，以防黴菌孳生；至於國外常出現的花粉熱，雖然國人較少對花粉過敏，但這類病人在春、夏外出賞花之際，可戴口罩避免發病。
陳永綺表示，一般來說，過敏體質的小朋友常會在三、四歲時出現症狀，且持續到青春期。目前主要採取藥物治療，如長效型的類固醇噴劑，已有不錯的效果，且不會影響發育，家長切勿延遲治療；否則像過敏性鼻炎若不治療，七成可能併發鼻竇炎、二成併發中耳炎、三成併發氣喘或慢性咳嗽。
呼吸道的表層皆為黏膜所覆蓋，正常黏膜都會有分泌物來滋潤，鼻腔的分泌物是鼻涕，口腔的分泌物是口水，而氣管及肺部內的分泌物就叫痰液，平常並不會覺得它們的存在；痰液是默默地藉由黏膜上許多的細微纖毛擺動（由深部向出口處拋擲的運動方式），而逐漸排出氣管口的；在正常情況下，痰液的量不多，而細微纖毛的擺動也正常，所以痰液不會囤積於氣管及肺內。
在有氣管炎或肺炎時，因細菌的破壞作用及黏膜本身的反應，使痰液量增多且增濃稠，纖毛的擺動也減緩，因此濃痰容易逐漸堆積在氣管及肺內，使呼吸通道變狹窄，如此呼吸上的阻力增加，呼吸有雜音不順。若併有發燒，則體內（包括肺內）的水分容易因溫度高而蒸散，痰液會更濃稠不易排咳出來。
