干擾素的副作用雖多，並不是接受治療的每個人都會出現，也不是每一種副作用都會出現，因為各種副作用會出現的機率相差非常多，而且有部分的副作用是可以使用藥物來改善的，如：發燒、頭痛等，可以服用退燒、止痛藥物；失眠也可以服用安眠藥，避免因為睡眠品質不佳造成工作或是生活上的困擾。因此，在治療過程中，必須定期至門診追蹤檢查，由醫師評估是否需要調整藥物及其劑量。
類似重感冒的症狀：第一次接受干擾素注射治療約四小時後，通常會出現發燒、畏寒、疲倦、肌肉酸痛、頭痛、食慾不振等類似重感冒的不適症狀，這些副作用經常在注射幾劑之後就會逐漸減緩。
•掉髮：少部份的人會輕微掉髮，不過停藥後可自然恢復。
•白血球及血小板數目降低：干擾素會抑制骨髓造血系統，臨床上會出現白血球及血小板數量輕至中度降低的現象，也因此使用干擾素的病人，必須定期抽血檢查血球數目。如果患者血小板或白血球數目太低則不適合接受干擾素治療。
•精神狀態的副作用：少部份的患者在使用干擾素一段時間後會變得比較焦慮、憂鬱、煩躁、疲倦及容易失眠，如果症狀相當嚴重，就必須考慮停藥。曾有憂鬱症病史者，更需小心的使用。
•腸胃症狀：患者可能會有輕微的食慾不振，噁心及腹瀉。
