藥師法門是不廢「世間法」而求「出世道」的法門。以「出世」的精神，做「世間」的事業。
藥師佛雖是東方淨琉璃世界的教主，但是藥師法門也資助求生西方極樂世界的眾生，隨願往生。
修持藥師法門能夠免除九種「橫死」。並有十二藥叉大將與其眷屬，常相護衛。
修持藥師法門可得：加官進祿，福壽增長。眷屬如意，資產富足。產婦平安，子女聰明健康。消災免難，事事吉祥。命終安穩，隨願往生。
轉女成男，得道多助。若在惡趣，暫聞佛名，即生人道，菩提不退。入邪道者，得歸正道。行小乘者，令入大乘。毀犯齋戒，還得清淨。不遭挫折，速成佛道。
藥師灌頂真言具有袪病、消愆、消災、滿願的功德力。若親人好友生病難過，可為他持咒108遍，加持在病人的藥物、食物或煮開的水裡，再予服用（加持過的水即是藥師水），可幫助病人脫離病苦恢復健康。
藥師佛發了十二個大願幫助一切眾生：
一、藥師佛要幫助所有眾生如祂一般，威相光明、功德巍巍，個個都能修學有成，成就人中至尊─佛陀。
二、藥師佛身相通徹透明，如琉璃一般無瑕清淨，在祂大光明照耀之下，一切眾生皆解脫煩惱痛苦，隨自己意願無事不成。
三、要讓所有的人，需要什麼就得什麼，沒有貧乏，一切稱心如意。
四、走邪路，懷邪心的人，藥師佛轉變其心，讓他心生柔和，能夠利益別人。
或只求個人了生死，藥師佛轉化其狹隘心量為大眾發心，由小我而走向大我。
五、聽到藥師佛號一心受持，可得戒行清淨，不墮三惡道。
六、外貌不揚、身體或四肢有缺陷、精神失常、被種種病苦折磨的人，聽了藥師佛號後專心修持，可得其威神力加持，一切都得以救治。
七、貧窮及病痛纏身，稱念藥師如來聖號，一切病痛都可消除，生活物資也能圓滿無缺。
八、女人身心多苦多病，若要捨棄女人身，專心念藥師佛名，來生可轉女相為男相。
九、思想偏激、行為偏差，藥師佛將用種種方法導邪歸正，令其覺悟而起正行修持。
十、犯罪坐牢或遭種種災難身心受苦，稱藥師佛名，以藥師佛的福德威神力可以解脫一切憂苦。
十一、生活困難、為了謀生而造惡，專念藥師如來名號能夠獲得改善，衣食無缺，過著良好的生活。
十二、貧苦的人修藥師法門，一心念藥師佛號，所要求的都能圓滿如願。
藥師佛特別重視生病的、痛苦的、貧窮的人，致力救濟這些人，讓他們身心及環境能轉惡劣為良善。
正常及健康的人可以求藥師佛嗎？
當然可以！但是我們得做，稱藥師佛名或持藥師咒或誦藥師經，才能和藥師佛來電。藥師佛深廣的慈悲原則是─有求必應，滿一切眾生稀奇古怪的願。這是藥師佛的特質，也是祂的可愛之處。
